Dziwne wydarzenia mają miejsce w Akademi Shinyo. Niewyjaśnione zaginięcia kilku studentek prowadzą do powstania różnych plotek. Jedna z nich mówi, że widmo śmierci zwane Boogiepop zaczyna się budzić. W tym samym czasie chłopak imieniem Echos desperacko poszukuje swojego morderczego brata bliźniaka Manticora i powstrzymanie go od popełnienia dalszych morderstw. Wszystkie trzy postacie Boogiepop, Echoes i Manticore są ze sobą powiązane w niewyjaśniony sposób, a ich działania
sprawią, że Akademia Shinyo i wszyscy studenci znajdą się w śmiertelnym niebezpieczeństwie.